マイホームを売却する場合に住宅ローンが残っていること
自体は珍しいことではありません。

通常はマイホームの売却代金で住宅ローンを全額返済し、
買主に譲渡します。

しかし、住宅ローンの残高を下回る値段で売却して
譲渡損失が発生した場合はその年の給与所得や事業所得などから
損益通算することができます。

損益通算を行っても控除しきれない譲渡損失は
譲渡の年の翌年以後3年内に繰り越し控除することができます。